Nell'anime, il protagonista è Ash Ketchum, un ragazzo di Pallet (la città che nel videogioco viene chiamata Biancavilla), deciso a diventare maestro di Pokémon, ovvero a raggiungere il maggior grado di abilità come allenatore. Il giorno in cui finalmente deve ricevere il suo primo Pokémon però si sveglia tardi, e al suo arrivo al laboratorio del Professor Oak, quest'ultimo è costretto a consegnargli l'unico Pokémon rimastogli, Pikachu, che diventerà la sua inseparabile spalla.
L'anime è ufficialmente diviso in 9 serie (10 in Giappone), ognuna composta da un numero variabile di episodi. Le prime 8 serie sono composte, rispettivamente, da 81, 36, 41, 52, 64, 41, 52 e 42 episodi. Oltre alla suddivisioni in serie, si può fare una divisione in due parti dell'anime.
La prima parte, denominata Pokémon, tratta del viaggio di Ash nelle regioni di Kanto e Johto, quest'ultima dopo aver visitato le Isole Orange. Le puntate sono basate sulla prima e la seconda generazione. Insieme ad Ash, viaggeranno Brock, capopalestra di Pewter City e Misty, la più giovane delle sorelle della palestra di Cerulean City. In seguito, Tracey Sketchit, disegnatore e osservatore di Pokémon, prenderà temporaneamente il posto di Brock, accompagnando Ash attraverso le Isole Orange. Il rivale di Ash è Gary Oak, nipote del Professor Oak.
La seconda parte, chiamata Pocket Monsters Advanced Generation, invece è completamente ambientata a Hoenn. Qui Ash cattura vari Pokémon della terza generazione, tra cui Snorunt, Treecko e Taillow, che in seguito si evolveranno, rispettivamente, in Glalie, Grovyle e Swellow. Tra gli altri Pokémon catturati ricordiamo Corphish, Torkoal e Aipom. In questa serie Ash fa da insegnante e mentore a Vera, una giovane allenatrice. Insieme a loro viaggia Max, fratello minore di Vera, molto preparato sui Pokémon, ma ancora troppo giovane per essere un allenatore. Brock ritorna a far parte del gruppo, invece Misty si reca a Cerulean City per aiutare le sorelle nella palestra di famiglia. Questa serie è basata sulla terza generazione.
Infine, quando Ash ritorna a Pallet, nella regione Kanto, incontra Misty che li accompagna fino Cerulean City. Quest'incontro sembra ricordare i videogiochi Pokémon Rosso Fuoco e Verde Foglia.
La serie animata ha raggiunto i 500 episodi con la Saga di Sinnoh. Tra gli episodi speciali e i film l'anime raggiunge quasi il traguardo dei 600 episodi trasmessi.
